导航综合楼建筑设计采用院落式空间布局。建筑整体呈围合式布局，以原有基地内树木和人工水系分隔庭院。建筑体量由院内至外逐渐升起，以多层次的屋顶绿化丰富了室外空间。为突出入口空间，沿街的立面设计出一个30m左右跨度的两层开敞空间，由玻璃构成一层半高的贵宾门厅就坐落在大跨空间下的水面之上。

建筑的总体布局充分考虑现有环境和军工科研机构的办公性质。沿街部分布置完整的高层体量，体现稳重、大气的建筑气质；从沿街至院内层层跌落下来的建筑体量，与院内其他建筑形成宜人尺度的院落式布局。